Biura Komisji Europejskiej znajdują się głównie w Brukseli i Luksemburgu. Posiada ona również przedstawicielstwa w krajach UE oraz tzw. delegatury w krajach poza UE.
W wielu krajach UE ustanowiono agencje, którym powierzono określone zadania techniczne, naukowe lub administracyjne. Na przykład Europejski Urząd Bezpieczeństwa Żywności we Włoszech zapewnia niezależne doradztwo naukowe we wszystkich kwestiach związanych z bezpieczeństwem żywności.
Posiedzenia komisji parlamentarnych PE odbywają się w Brukseli, a sesje plenarne w Brukseli i Strasburgu. Administracja Parlamentu Europejskiego ma siedzibę w Luksemburgu. Delegacje PE często odwiedzają regiony położone poza UE.
Biura Rady Unii Europejskiej znajdują się w Brukseli, gdzie również odbywa się większość posiedzeń. Czasami posiedzenia Rady Unii Europejskiej odbywają się w Luksemburgu. Spotkania szefów państw i rządów (Rada Europejska) odbywają się w Brukseli.